조세지출, 자금지원, 국가 R&D 사업 참여 등 국가로부터 다양한 혜택을 부여 받는 '기업부설연구소' 중 직권취소로 인해 자격을 상실한 기업에게 최근 4년간 들어간 혈세만 2,413억원(조세지출 2,344억원 + 자금지원 68억원)에 달하는 것으로 나타났다. 관계 부처의 무관심 속에 제도의 허점을 악용하는 기업들이 많다는 지적이다. 기업 R&D 활동을 지원하기 위한 기업부설연구소 제도 취지를 살리기 위한 제도 개선이 시급한 상황이다.

기부는 기업연구개발(R&D)활동의 효율적 지원을 위하여 일정 요건을 충족하는 기업 시설을 연구소로 인정하고 각종 조세지출ㆍ자금 지원, 국가 R&D 참여, 병역 특례 등 각종 혜택을 제공하는 ‵기업부설연구소‵ 제도를 운영하고 있다.

기업부설연구소 등록 건수는 매년 증가하여 ‵16년 60,832곳에서 ‵20년 5월, 71,668곳으로 약 18% 증가하였다. 벤처기업, 연구원ㆍ교원 창업, 중소기업 등 소규모 기업부설연구소가 69,436곳(96.8%)으로 대부분을 차지했고, 대기업도 1,013곳이 기업부설연구소로 등록했다.
 
기업부설연구소 내 연구전담요원 수가 4명 이하인 곳은 5,610곳으로 77.6%를 차지했고, 연구전담요원이 1명인 곳도 2만2,452곳(31.3%)에 달했다.

기업부설연구소로 등록된 기업이 받은 혜택도 상당하다. 국세ㆍ지방세를 비롯한 조세 지출만 7조 2천억원이 넘었고, 산업통산자원부 소관 ‵우수기술연구센터사업‵(ATC)에 선정되면 지원받은 자금 지원도 2,400억원이 넘었다.

신규채용하는 연구전담요원에 대해 배정된 한도 내에서 병역 의무를 면제하는 ‵전문연구요원제도‵(병무청)를 통해서도 3,300명이 넘는 인원이 혜택을 받았고, 중소벤처기업부가 인증하는 ‵벤처확인 및 이노비즈 인증‵ 제도도 매년 2만여 개가 넘는 기업들이 인증을 받았다.

약 기업부설연구소를 거짓ㆍ부정한 방법으로 인정을 받거나, 소속된 기업의 폐업, 법에서 규정한 인정기준에 미달, 연구개발활동이 없는 등 기업부설연구소 인정 취소 규정에 해당하는 경우, 주관부처인 과학기술정보통신는 직권으로 이를 취소할 수 있다.

최근 5년간 15,894곳의 기업부설연구소가 직권취소됐다. 취소 사유로는 인적/물적 ‵요건 미달‵이 7,857건으로 가장 많았고, ‵휴/폐업‵(4,014건), ‵연구개발활동 없음‵(3,935건)이 뒤를 이었다. 특히, 허위로 신고하여 불법적으로 기업부설연구소를 운영하다 적발되어 취소된 경우도 88건에 달했다.

삼성물산, 한국전력공사 등 대기업으로 등록된 기업부설연구소의 직권취소 사례도 35건에 달했다. 대기업은 대부분 연구개발활동이 없거나 인적ㆍ물적 요건 등이 미달되어 직권취소 되었으며, 이들에 대한 국세 조세 지출은 436억원에 달했다.

같은 기업이 2개 이상의 기업부설연구소를 설립하기 위해서는 주소지가 서로 다르거나 통계청이 발표하는 ‵표준산업분류‵ 상 중분류 이하의 전문연구 분야가 달라야 한다.

그러나 ‵20.5월 기준, 같은 기업이 2개 이상의 기업부설연구소를 설립한 경우 중 같은 주소지에 설립한 342건에 대해 「표준산업분류」 현황을 분석한 결과, 단 한 기업(2건)만을 제외하고 340건 모든 기업부설연구소의 표준산업분류가 동일한 것으로 나타났다. 과학기술정보통신부가 스스로 정한 규정도 제대로 지키지 않고 있었다.

허위로 신고하여 불법적으로 기업부설연구소를 운영하다 적발되어 취소된 88건의 경우, 적발 사례 대부분이 감사원이 실시한 「기업부설연구소 인정 및 사후관리 실태」 조사(‵19.6월)를 통해 적발된 사례이다.

문제는 88곳의 기업부설연구소가 규정을 악용하여 불법적으로 운영되며 국민의 세금으로 여러 혜택을 받다가 적발되었음에도, 이에 대한 사후 조치가 거의 이루어지지 않았다는 점이다. 

관계부처의 제출 자료를 분석한 결과, 허위신고로 적발된 88곳의 기업부설연구소에 3년간(‵16~‵18년) 17.1억원의 조세 지출이 되었지만, 1년이 넘는 기간 동안 과세 당국인 국세청은 세무조사ㆍ세액환수 등 어떠한 제재도 하지 않았고, ‵21년 이후에나 점검ㆍ관리에 들어갈 예정이다.

조정식 의원은 “기업의 연구개발 활동을 촉진하기 위한 ‵기업부설연구소‵ 제도가 일부 기업들의 악용에 의해 국민의 혈세가 낭비될 뿐만 아니라 제도의 취지도 무색해 지고 있다"고 밝혔다.